一月
　　农业部农产品质量安全中心办公室发出通知，请各地方、行业和工作机构结合实际认真组织实施《2006年无公害农产品工作要点》。
　　二月
　　25日举行的十届全国人大常委会第二十次会议上，对农产品质量安全法草案进行第二次审议。二审稿删去了原有的“国家鼓励生产有机农产品”的规定，增加了规定：“本法所称农产品质量安全，是指农产品质量符合保障人的健康、安全的要求。”
　　三月
　　农业部农产品质量安全中心召开了3个层次的座谈会，从加强无公害农产品工作体系队伍建设、改进无公害农产品工作方式、改革无公害农产品标志管理、培育无公害农产品品牌、加强无公害农产品监督管理等方面广泛听取了不同层次、不同方面的意见和建议。
　　四月
　　农业部颁布了第604号公告，发布了《番茄等级规格》等202项标准，并自2006年4月1日起实施。公告包括《无公害食品可食用花卉》等47项无公害食品标准。
　　29日十届全国人大常委会第二十一次会议审议通过了《中华人民共和国农产品质量安全法》，该法针对保障农产品质量安全的主要环节和关键点，确立了7项相关的基本制度。
　　五月
　　19日农业部召开《农产品质量安全法》
　　专家座谈会，围绕贯彻《农产品质量安全法》，推进现代农业和社会主义新农村建设的主题，进行深入研讨和交流。全国人大农业与农村委员会主任委员刘明祖、全国人大常委会法制工作委员会副主任安建、中央财经领导小组办公室副主任唐仁健、国务院研究室副主任李炳坤、农业部部长杜青林等领导和专家出席座谈会并发言。
　　六月
　　16日“2006中国农产品质量安全国际论坛”在哈尔滨召开。本次论坛由黑龙江省人民政府、联合国粮农组织、美国食品安全联合会、加拿大阿尔伯达省农业与农村发展部主办，黑龙江省农委承办。
　　七月
　　3日农业部农产品质量安全中心印发通知，要求贯彻实施《无公害农产品产地认定与产品认证一体化推进实施意见》，做好无公害农产品产地认定和产品认证衔接，进一步加快产地认定与产品认证工作步伐。
　　八月
　　1日“国际通行农产品质量安全管理技术系引进与建立”农业部948项目顺利通过验收。项目验收组由农业部财会服务中心、中国农科院北京畜牧兽医研究所、农业部科技发展中心、农业部农药检定所、全国畜牧总站、中国水产学会、农业部环保科研监测所、全国农技推广服务中心、农业部科技发展中心等机构的专家组成。
　　九月
　　14日农业部在大连召开了全国农产品质量安全工作会议，农业部副部长牛盾在会上指出，依法推动农产品质量安全工作进入新阶段。20日，针对一些地方非法使用瘦肉精现象有所反弹，农业部就进一步加强瘦肉精整治工作发出紧急通知，要求各地进一步加强对饲料企业的监管力度，严格执法，确保畜产品安全，保障畜产品市场稳定和维护人民群众身体健康。
　　十月
　　25日《中华人民共和国农产品质量安全法》贯彻实施座谈会召开，全国人大常委会副委员长乌云其木格出席并发言。座谈会由全国人大法律委、全国人大农委、全国人大常委会法工委、国务院法制办和农业部联合举办。
　　十一月
　　1日《中华人民共和国农产品质量安全法》正式实施，为新时期推进我国农产品质量安全事业奠定了重要的法律基础。农业部发布的《农产品包装和标识管理办法》也在同日施行。
　　为尽快构建与《农产品质量安全法》相适应的农产品质量安全监管体系，全面提升我国农产品质量安全监管能力，农业部于11月8日印发了《农业部关于加强农产品质量安全监管能力建设的意见》。
　　11月以来，河北省个别地区出现含有化工染料“苏丹红”的咸鸭蛋，上海市检出含违禁药品的多宝鱼。事件发生后，农业部和各地高度重视，有关部门密切配合，先后派出多个督查组赴上海、浙江、河北、山东等地进行专项督查，组织力量加大产品监督抽检力度，同时开展全国兽药、饲料市场和畜禽、水产养殖执法大检查。
　　十二月
　　今年1—11月我国无公害农产品认证企业数达到3139家，产品数4919个，总产量3012.66万吨，产地数7577个。绿色食品认证企业数达到1594家，产品数4315个。有机食品认证企业数达到384家，产品数1588个。1日，农业部、公安部、卫生部、国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家食品药品监督管理局等六部门联合发出通知，要求各地各部门全面贯彻落实《农产品质量安全法》等法律法规，强化农产品质量安全监管，保障消费安全，促进农业农村经济发展。